Trong thời gian ở Missouri, McClintock đã mở rộng nghiên cứu của mình về ảnh hưởng của tia X đối với tế bào ngô. McClintock quan sát sự đứt gãy và hợp nhất của nhiễm sắc thể trong các tế bào ngô được chiếu xạ. Bà cũng có thể chỉ ra rằng, ở một số thực vật, sự đứt gãy nhiễm sắc thể tự phát xảy ra ở các tế bào nội nhũ (endosperm). Trong quá trình nguyên phân, bà quan sát thấy rằng các đầu cuối của chromatid (nhiễm sắc tử) bị gãy được nối lại sau khi tái bản nhiễm sắc thể.[36] Ở kỳ sau (anaphase) của nguyên phân, những nhiễm sắc thể bị gãy tạo thành một cầu nối chromatid, mà bị gãy khi các chromatid di chuyển đến các cực của tế bào. Các đầu cuối của điểm gãy được nối lại ở kỳ trung gian (interphase) của lần nguyên phân tiếp theo, và quá trình này được tiếp tục lặp lại, gây ra đột biến trên quy mô lớn, mà bà phát hiện thấy như là những đốm có màu khác nhau trong nội nhũ.[37] Chu kỳ đứt gãy-gắn lại-cầu nối (breakage–rejoining–bridge cycle) là một khám phá quan trọng của di truyền học tế bào vì một vài lý do.[36] Đầu tiên, nó chứng tỏ sự gắn lại các nhiễm sắc thể không phải là một sự kiện ngẫu nhiên, và thứ hai, nó chứng tỏ nguyên nhân gây khuếch đại đột biến. Vì vậy, chu kỳ này vẫn là một chủ đề nghiên cứu sôi động của nghiên cứu ung thư ngày nay.[38]

Mặc dù nghiên cứu của bà diễn ra tại Missouri, McClintock đã không thỏa mãn với vị trí của mình tại đại học. Bà nhớ lại đã bị cho ra rìa khỏi những cuộc họp của khoa, và không được thông báo về những vị trí đang tuyển dụng ở những viện nghiên cứu khác.[8] Năm 1940, bà viết thư đến Charles Burnham, "Tôi đã quyết định rằng, tôi phải tìm một vị trí khác. Cho đến khi tôi có thể rời đi, chẳng còn nghiên cứu thêm gì thực hiện ở đây. Tôi là trợ lý giáo sư với mức lương $3.000 và tôi cảm thấy chắc chắn rằng điều này làm giới hạn đối với tôi."[39][36] Ban đầu, vị trí của McClintock phần lớn là ở nỗ lực của Stadler, và có thể nó phụ thuộc vào vị trí của ông ở trường đại học.[16][34] McClintock tin rằng bà sẽ không nhận vị trí dài hạn ở Missouri, cho dù theo như một số nguồn tin, bà biết rằng bà sẽ được trường Missouri đề cử vào vị trí chính thức vào mùa xuân năm 1942.[40] Các nghiên cứu lịch sử cho thấy McClintock dường như quyết định rời khỏi Missouri bởi vì ba không tin tưởng ở những người quản lý trực tiếp và ban quản trị của đại học, khi phát hiện ra nguy cơ bị mất công việc nếu như Stadler chuyển đến Caltech, mà ông đang xem xét thực hiện. Sự trả đũa của trường đại học chống lại Stadler đã càng làm thổi bùng lên tâm tư của bà.[16]

Đầu năm 1941, bà quyết định rời khỏi Missouri với hy vọng sẽ tìm được công việc ở nơi khác. Bà chấp nhận vị trí giáo sư thỉnh giảng tại Đại học Columbia, nơi cựu đồng nghiệp hồi ở Cornell là Marcus Rhoades đang làm giáo sư ở đây. Rhoades cũng đề nghị chia sẻ nghiên cứu của ông ở Cold Spring Harbor trên Long Island. Tháng 12 năm 1941, bà được đề nghị một vị trí nghiên cứu bởi Milislav Demerec, giám đốc tạm quyền mới được bổ nhiệm của Khoa Di truyền học ở Phòng thí nghiệm Cold Spring Harbor thuộc Viện Khoa học Carnegie; McClintock chấp nhận lời mời mặc dù có những sự băn khoăn và trở thành thành viên dài hạn của khoa.[41]